Trung tâm Chiến dịch đặc biệt của FSB (CSN FSB, центр специального назначения ФСБ) có khoảng 4.000 đặc nhiệm [81] trong ba bộ phận:

• Ban "A" (Spetsgruppa Alpha)
• Ban "V" (Spetsgruppa Vympel)
• Ban "S" (Spetsgruppa Smerch)
• Đơn vị FSB khu vực

Trụ sở chính của CSN FSB là một khu phức hợp lớn gồm các tòa nhà và khu vực đào tạo, với hàng chục hec đất và nhiều điểm đào tạo. Trung bình một sĩ quan CSN được đào tạo trong khoảng năm năm.[82]

Spetsgruppa "A" (Nhóm Alpha) là một đơn vị chống khủng bố được thành lập vào năm 1974. Đây là một đơn vị chuyên nghiệp, bao gồm khoảng 720 nhân viên, trong đó khoảng 350 người được đào tạo cho các chiến dịch tấn công và phần còn lại là nhân viên hỗ trợ.[83] Họ được phân ra thành năm đội, trong đó có một đội dài hạn tại Cộng hòa Chechen. Các đơn vị khác đóng quân tại Moscow, Krasnodar, Yekaterinburg và Khabarovsk. Tất cả các thành viên của Alpha đều trải qua khóa huấn luyện trên không, trên núi và chống phá hoại. Alpha đã hoạt động ở các nước khác, đặc biệt là Chiến dịch Bão tố-333 (các đơn vị của nhóm Alpha và Zenith đã hỗ trợ biệt đội Spetsnaz Độc lập 154, nổi tiếng là "Tiểu đoàn Hồi giáo ", trong một nhiệm vụ của GRU là lật đổ và giết Tổng thống Afghanistan Hafizullah Amin).[84]

Spetsgruppa "V" viết tắt cho Ban в (là V trong bảng chữ cái Cyrillic của Nga) còn được gọi là "Vega" trong giai đoạn 1993-1995, được thành lập năm 1981, hợp nhất hai đơn vị đặc biệt thời Chiến tranh Lạnh của KGB là Cascade (Kaskad) và Zenith (Zenit), hoạt động tương tự như Cục tình báo trung ương CIA (chịu trách nhiệm về các hoạt động bí mật liên quan đến việc phá hoại và ám sát ở các quốc gia khác) và sau được chỉ định lại thành các hoạt động chống khủng bố và chống phá hoại. Vega được giao nhiệm vụ bảo vệ các cơ sở chiến lược, chẳng hạn như các nhà máy và trung tâm vận tải. Vega và Alpha được sử dụng rất nhiều ở Bắc Kavkaz. Vympel có bốn đơn vị hoạt động tại Moscow có các văn phòng chi nhánh ở gần như ở mọi thành phố có nhà máy điện hạt nhân.

Spetsgruppa "S", viết tắt của Ban C (S trong bảng chữ cái Cyrillic của Nga), còn được gọi là Smerch, nhưng còn được gọi là Cục chiến dịch đặc biệt (ССO) là một đơn vị tương đối mới được thành lập vào tháng 7/1999. Các thành viên của Smerch thường xuyên tham gia bắt giữ và chuyển giao tội phạm đã gây rối ở Bắc Caucasus và khắp nước Nga, chống lại những tên cướp ở miền Nam nước Nga cũng như bắt giữ mục tiêu cấp cao ở các thành phố đông dân hơn và bảo vệ các quan chức chính phủ. Do tên viết tắt của nó, nhóm này vẫn thường được gọi là "Smerch". Nhiều đơn vị lực lượng đặc biệt của FSB hoạt động ở cấp khu vực cùng với các đội tinh nhuệ của Trung tâm chiến dịch đặc biệt. Những phân đội này được gọi là ROSN hoặc ROSO (Bộ Khu Vực đặc biệt được chỉ định), chẳng hạn như Grad (Hail) của Saint Petersburg hoặc Kasatka Orca của Murmansk.